STS 1567/2024, de 8 de octubre de 2024

STS 1567/2024, de 8 de octubre de 2024 (ECLI:ES:TS:2024:4893)

Criterio jurisprudencial fijado por la Sala Tercera (Sección Segunda) del Tribunal Supremo sobre el alcance vinculante de los informes motivados del Ministerio competente en materia de ciencia en relación con la deducción por innovación tecnológica del Impuesto sobre Sociedades, y sobre si la AEAT puede neutralizar esa vinculación mediante informes internos (Equipo de Apoyo Informático) en un recurso de casación.

1. Introducción

La sentencia se enmarca en la litigación sobre incentivos fiscales a la I+D+i y, en particular, sobre la deducción por innovación tecnológica del art. 35 TRLIS (ejercicio 2011). La casación adquiere aquí especial relevancia porque el debate no es solo de subsunción material (qué gastos son deducibles), sino de arquitectura institucional y probatoria: qué peso tiene, en vía inspectora y contenciosa, un informe “vinculante” emitido por un órgano técnico especializado (Ministerio) frente a un contra-informe generado dentro de la propia AEAT, y además sin las garantías de contradicción propias de la prueba pericial judicial.

El interés del pronunciamiento radica en que la Sala fija doctrina sobre el régimen jurídico aplicable (TRLIS 2004, no LIS 2014) y sobre el contenido de la vinculación: la diferencia literal entre ambos textos (vinculación “sin matices” en TRLIS frente a vinculación “solo para la calificación” en LIS 2014) resulta decisiva para resolver el caso.

2. Antecedentes de Hecho

Contexto y hechos relevantes

• CECABANK aplicó en el IS 2011 deducciones por I+D y por innovación tecnológica (IT). Los proyectos contaban con informes del Ministerio (MINECO en la denominación entonces utilizada) que calificaban los proyectos como innovación tecnológica (algunos reclasificados desde I+D a IT).
• En 2016 se iniciaron actuaciones inspectoras y la AEAT dictó liquidación del IS 2011, excluyendo la deducción por IT (art. 35.2.b TRLIS), con deuda a ingresar.

Iter procesal

• TEAC (3/12/2019): desestimó la reclamación. Sostuvo que el informe ministerial sería vinculante solo para la calificación (letra a), pero no para la base/cuantía (letra b), postulando un “doble filtro”. Concluyó que ninguno de los gastos encajaba en el numerus clausus del art. 35.2.b TRLIS.
• Audiencia Nacional (SAN 23/11/2022, rec. 431/2020): estimación parcial solo en un extremo, pero confirma en lo sustancial la exclusión de la deducción y asume el enfoque de que la AEAT puede comprobar fiscalmente los gastos; se apoya en criterios previos sobre software y su difícil encaje en “diseño industrial” y la necesidad de distinguir entre “ingeniería del proceso” e “ingeniería de herramientas”.
• Auto de admisión (ATS 26/10/2023): aprecia interés casacional para determinar si la AEAT puede negar la deducción pese a informe ministerial vinculante, y si puede enervar ese informe mediante documento interno no presentado como pericial ni sometido a contradicción.

3. Fundamentos Jurídicos

3.1 Objeto del recurso de casación

Se impugna la SAN de 23/11/2022. La recurrente pretende que se reconozca la conformidad a Derecho de la deducción por innovación tecnológica aplicada en el IS 2011, defendiendo el carácter vinculante del informe ministerial y la improcedencia de su neutralización por la AEAT mediante un informe interno del EAI.

3.2 Cuestión de interés casacional

El auto de admisión formula, en esencia, tres preguntas:

1. Si la Administración tributaria puede negar la deducción por IT con base en un informe del Equipo de Apoyo Informático (dependencia interna AEAT) aun existiendo dictamen vinculante ministerial calificando los proyectos como IT.
2. Qué alcance tiene, para negar la deducción, el hecho de que la calificación provenga de la propia Administración del Estado (principio de personalidad jurídica única).
3. Si puede enervarse el valor del dictamen vinculante mediante un documento interno no aportado como pericial y sin contradicción procesal.

3.3 Planteamiento de las partes

Recurrente (CECABANK)
Sostiene que bajo el TRLIS 2004 el informe ministerial es vinculante para la AEAT sin la restricción introducida después por la LIS 2014; por ello, un informe interno del EAI no puede degradar ese efecto. Resalta además la falta de garantías probatorias del informe interno y la quiebra de seguridad jurídica si la AEAT puede “recalificar” lo ya calificado por el órgano técnico competente.

Administración (Abogado del Estado)
Defiende la tesis del “doble plano”: el Ministerio califica la actividad (IT), pero la AEAT decide qué gastos encajan en el art. 35.2.b TRLIS. Afirma que puede apoyarse en un informe técnico interno del EAI sin necesidad de presentarlo como pericial judicial, y que corresponde al contribuyente desvirtuarlo con pericial propia.

3.4 Criterio de la Sala del Tribunal Supremo (ratio decidendi)

La Sala articula su razonamiento en torno a cuatro ejes:

(i) Norma aplicable y diferencia TRLIS/LIS
El TS considera “crucial” que para 2011 rige el TRLIS 2004, cuyo art. 35.4 establece sin matiz que el informe “tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria”, mientras que la LIS 2014 (no aplicable) limita la vinculación “exclusivamente” a la calificación de actividades. La sentencia reprocha que instancias previas operen, en la práctica, como si rigiera el matiz limitativo de 2014.

(ii) Naturaleza del informe ministerial: presunción iuris et de iure de expertise
La Sala razona que los “verdaderos expertos” en innovación tecnológica son los del Ministerio competente y que la ley parte de esa presunción, confiándoles un elemento fáctico-técnico determinante del derecho a deducir. De ahí que el informe sea un elemento “privilegiado” para calificar actividad y, en el TRLIS, también para el gasto evaluado en el proyecto.

(iii) Inadmisibilidad de la “autoprueba” interna para vaciar la vinculación
El TS subraya que no consta que la Administración instara prueba pericial en el proceso para respaldar el criterio del EAI, y que un informe interno incorporado al acta inspectora carece del valor de una pericia contradictoria. Además, al haber participado el EAI en la génesis del acto de liquidación, se intensifica la sospecha de falta de imparcialidad (“quien es parte no es imparcial”), con ausencia de garantías propias de la prueba judicial (contradicción, aclaraciones, etc.). Apoya esta idea en la doctrina previa sobre informes funcionariales usados como pericial (STS 202/2022, citada).

(iv) Seguridad jurídica y personalidad jurídica única
La Sala conecta el efecto vinculante con la seguridad jurídica (art. 9.3 CE): no tendría sentido que el contribuyente invierta amparado en un informe vinculante si luego queda sujeto a un “non obstat” tributario que, de facto, lo neutraliza. Y añade la dimensión de coherencia interna del Estado: no puede sostenerse simultáneamente, por distintos órganos, que una actividad es y no es innovación tecnológica y que una deducción procede y no procede.

3.5 Doctrina fijada por el Tribunal Supremo

Doctrina jurisprudencial (formulación “citable”):
Bajo el TRLIS 2004, el informe del art. 35.4 sobre deducción por innovación tecnológica vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, de modo que no puede ser rebatido, ignorado ni vaciado de eficacia por órganos internos de la AEAT mediante informes propios; y, en particular, no es admisible enervar ese dictamen vinculante con “prueba autocreada” de carácter meramente documental incorporada al expediente, sin garantías periciales ni contradicción.

Consecuencias prácticas (2–4)

• Si el proyecto y sus gastos fueron evaluados positivamente en el informe vinculante TRLIS, la AEAT no puede “recalificar” por vía interna para negar la deducción.
• Un informe técnico interno (EAI) no equivale a pericial y, menos aún, puede desactivar un informe legalmente vinculante; su valor probatorio queda degradado como mero documento administrativo.
• La discusión sobre “doble filtro” no puede basarse en una lectura retroactiva/interpretación por arrastre de la LIS 2014 cuando el régimen aplicable es TRLIS 2004.
• La solución refuerza la confianza legítima y la finalidad incentivadora de la deducción, evitando que el incentivo dependa de criterios internos cambiantes de la AEAT.

4. Resolución del recurso

El Tribunal Supremo estima el recurso de casación: casa y anula la sentencia de la Audiencia Nacional y, resolviendo el fondo, estima el recurso contencioso-administrativo de instancia contra la resolución del TEAC y la liquidación, reconociendo la procedencia de la deducción por innovación tecnológica aplicada por CECABANK en el IS 2011.

5. Fallo

Sin transcribirlo íntegramente, el TS: (i) fija los criterios interpretativos del fundamento jurídico quinto; (ii) declara haber lugar al recurso y casa la SAN; (iii) anula TEAC y liquidación y reconoce la deducción; (iv) no impone costas ni en casación ni en instancia.

6. Conclusiones prácticas

1. Identifica el régimen temporal: en deducciones I+D+i, la diferencia TRLIS/LIS es determinante; si es TRLIS, el informe vinculante despliega una vinculación más intensa que la prevista después.
2. En casación, centra el tiro en la “vinculación” y su alcance: la sentencia muestra que la calificación de la cuestión como probatoria/técnica puede reconducirse a un problema normativo de efectos vinculantes.
3. Ataca la “autoprueba”: cuando la Administración se apoya en informes internos para sostener la regularización, es clave denunciar falta de contradicción y la ausencia de estatuto pericial (explicaciones, tachas, independencia), especialmente si el informe participa en la génesis del acto.
4. Explota seguridad jurídica y confianza legítima: el TS enfatiza que el incentivo fiscal perdería sentido si el contribuyente no puede confiar en un informe legalmente vinculante al planificar inversiones.
5. Personalidad jurídica única como argumento de coherencia: útil para rebatir que, dentro del Estado, un órgano técnico declare IT y otro órgano (AEAT) sostenga lo contrario para el mismo presupuesto de hecho.
6. Petición subsidiaria probatoria: aunque aquí la Sala no exige pronunciarse sobre supuestos “excepcionales” de contradicción del informe, deja claro que, de aceptarse dialécticamente, no podría hacerse con un simple documento interno; conviene articularlo como motivo alternativo.